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西暦2515年。人類の存亡をかけた“200年戦争”はわずか1機の“SYD”の活躍により終結した。 そして、10年の歳月が流れた西暦2525年。大破した敵要塞「ジョジョゼゼII」の調査を行った結果、地球を襲った部隊は、敵のほんの一部にすぎないことが判明。そして再び地球を含む太陽系侵攻がはじまった……。人類はそれらに対抗するため、あの英雄機”SYD”の翼に新たな生命をふきこんだ。今、地球をあとにした空母ドルフィンから2機の”SYD”が発進する。目標は銀河系の中心全ての敵を支配する恐怖の破壊神「フルヴァレンス・グローマ」である。