20XX年、モーデン元帥は数年間かけて準備していた軍事クーデターによる覇権掌握を実行に移した。彼と、彼を取り巻く有能な賛同者と、世界に散らばる彼の同志達の電光石火の侵略によって、世界の主要都市は、モーデン元帥の計画発令より、わずか170時間で統制下におかれ、抵抗力を失った。世界が感じたその時間は、まさに一瞬のことであった。
元帥反逆軍の奇襲に遭い、瞬く間に一蹴されてしまった正規軍だったが、わずかながらも生き延びた者達はレジスタンスとなり、兵力の立て直しを図りながら、元帥討伐の機会を伺っていた。
そんなある日、轟音と共に砕け散るレジスタンスの秘密工場。ついに秘密工場を突き止めた、元帥反逆軍の攻撃だった。十分な兵力の整わないままのレジスタンスの抵抗はまさに蟷螂の斧で、試作の段階までこぎつけていた数輌の新型万能戦車「メタルスラッグ」は敵の手に落ちてしまった。
もはや一刻の猶予も許されない。正規軍特殊工作部隊ペルグリン・ファルコンズ通称ＰＦ隊に指令が下った。「小人数の部隊編成をもって、元帥反逆軍の拠点をピンポイント攻撃、これを破壊せよ。奪われたメタルスラッグは、機密保持の為に奪還、困難な場合は、この破壊も止むなしとする。」
この失敗の許されない任務にマルコとターマの二人の兵士が選ばれた。いま、たった二人の元帥討伐戦が始まる…。