西暦2248年、火星ベース基地において、人類は初めて異生命体が発するパルス信号をキャッチした。それが、人類にとって史上最悪の恐怖の始まりであるとも知らずに…。

　実は、人類が異生命体の信号をキャッチすると同時に、異生命体の方でも地球の存在を確認し、光速をはるかに上回るスピードで地球への接近を開始したのだった。この異生命体の行動に懸念を抱いた太陽系連邦は、不測の事態に備えて“スペース防衛軍”を創設した。

　それから8年後の西暦2256年の7月7日17時。ついに異生命体は、太陽系圏内にその姿を現し、海王星防衛隊との間で戦闘の火ぶたが切って落とされた。戦いは想像を絶する激しさで、戦場は瞬く間に太陽系全エリアへと広がっていった。連邦は、戦局を打開するために敵の本体がある銀河の中心に向けて、攻撃部隊“パルスター”を出撃させた。

　そして、2年後。戦闘は終結し、太陽系連邦は壊滅的なダメージを受け、その戦力のほとんどが失われた。太陽系はその姿を大きく変え、海王星は塵となり、木星は太陽系第2太陽と化し、地球も地軸の変化で大陸の60％が水没した。派遣された攻撃部隊“パルスター”も、交信が途絶えたままで、生存を確認する術はまったくない。

　そんな中、追い討ちをかけるように敵は新たな動きを見せていた。もはや一刻の猶予も許されない！太陽系連邦は、残る戦力をかき集めて第2次攻撃部隊を結成。「すべての敵の根絶」という過酷な指令を与えて、再び銀河の中心へと発進させた!!