20XX年、モーデン元帥は、軍事クーデターによる覇権掌握を実行に移した。
世界の主要都市はモーデン元帥の計画発令より、170時間でその統制下におかれ、抵抗力を失ってしまった。
壊滅状態におちいった正規軍であったが、生き延びたメンバーはレジスタンスとなり、反撃の機会をうかがっていた。
そんなある日、レジスタンスの秘密工場が襲われ、新型万能戦車『メタルスラッグ』が敵の手に落ちてしまった。
正規軍特殊工作部隊ペルグリン・ファルコンズ、通称ＰＦ隊のマルコとターマの2人に元帥討伐の指令が下った・・・。

大戦終結から2年・・・。
世界を破壊と混乱の淵に叩き込んだモーデン元帥のクーデターは、正規軍の反攻作戦によりすんでのところで鎮圧された。作戦成功の立て役者、マルコとターマは昇進。自分たちがもたらした平和を満喫しつつ、特殊部隊ペルグリン・ファルコンズの再生に尽力していた。
そんなある日、マルコとターマは正規軍の参謀本部に召喚を受けた。モーデン一党の動きが最近活発化しているらしい。モーデン反逆軍の勢力はすでに根絶やしにされていたが、正規軍上層部や各国政府の腐敗ぶりを唱えたモーデン元帥の主張には同調者が意外に多く、小規模な反抗反乱の類は散発的ながら絶えることはなかった。ところが、最近の反乱は組織化され、ますます計画的になってきている。全世界の情報を総合的に分析した結果、それらの反乱は、ある大規模な作戦計画の存在を明確に示していた。そのような大作戦を立案実行できる人物はただ一人。
デビルリバース・モーデン元帥。
2年の歳月をもってしても、モーデンの影を消し去ることはできなかったのか。しかし、いかにモーデンといえどもこんな短期間で2度目のクーデターを準備することなどできはしない。
はたしてモーデンは生きているのか。
生きているとすれば、どのような手段で、いつクーデターを開始するのか。
そして、こんな短期間でクーデターの準備を可能にした秘密は・・・？
マルコとターマに、反逆軍の機先を制して、第2次クーデターの勃発を未然に防ぐという秘密任務が与えられた。反逆軍の作戦を少人数の精鋭部隊で次々と奇襲鎮圧し、すべてを叩きつぶしてしまおうという過酷な作戦だ。当然、最高度の機密性が要求される。モーデン派に情報がもれないように、彼らの上司ですら全貌を知らされることはない。そして何よりも、未だモーデンの影におびえる世界の人々を刺激しないように・・・。
前大戦以上に過酷といえる任務だが、彼らは即座に承知した。
「モーデンが生きているなら、今度こそ息の根を止めてやる」
意気ごむ2人であったが、この任務には意外な付帯条件が付いていた。
情報局所属の特殊工作部隊、スパローズと共同作戦をおこなうこと。
PF部隊だけで片をつけるつもりでいた2人が反対したが、参謀本部は聞き入れてくれなかった。実戦部隊に対抗意識を燃やす情報局の意向や、上層部の対立などが複雑に絡み合った結果なのだが、マルコたちに分かるはずもない。結局うやむやのまま、将軍たちに押し切られてしまうのであった。
作戦当日。スパローズから2人の兵士がやってきた。エリとフィオ。若い女性だ。
「エリ・カサモト軍曹だ。エリでいいよ」
「あの、えっと、前大戦の英雄お2人にお会いできて光栄です。スパローズのフィオリーナ・ジェルミ一等軍曹です。こんな大規模な作戦は初めてですが、わたしは大丈夫です。がんばります。よろしくお願いします」
「おいおいマルコ、こんなお嬢さんたちと一緒にドンパチやらかすのかよ」
「今さら何をいってる。時間だ。作戦開始！」
こうして、クーデター鎮圧作戦は発動された。マルコたちは第２次クーデターを未然に防ぐことができるのか。本当にモーデンは生きているのか。そして、反逆軍の恐るべき秘密とは。
今度も戦争だ！

世界に新秩序を打ち立てんとするモーデン元帥が企てた反乱戦争も過去の出来事となり、ようやく世界に秩序と平穏が戻りはじめた。復活したモーデンは新たなクーデター計画を企てていたが、事前に察知した正規軍の電撃的な奇襲作戦において、第２次クーデターは未発に終わった。
モーデン反逆軍鎮圧に功のあったペルグリン・ファルコンズ隊のマルコとターマは除隊願いを受けつけてもらえず、ファルコンズのリーダーとして任務を続行することになった。
モーデン元帥自身は行方不明とされているが、モーデン軍残党は今なお世界各地に潜伏しており、拠点を一つずつ破壊していくために、彼らの能力と経験が必要とされていたのである。残党との激しい戦いの中で、マルコとターマはモーデンの影を、３度目の野望を感じずにはいられなかった。
ヤツは生きている。
そして、あきらめてはいない。
一方、正規軍情報部所属の特務機関スパローズは、モーデン元帥の追跡と平行して、頻発する怪事件の調査をおこなっていた。家畜の誘拐といったささいな事件から、要人の行方不明や生物の異常な巨大化などという何の関連もない複数の出来事が、一つの可能性を形成していく。
モーデン元帥とは違う、別の何かを。
情報部は半ば強引な形で、スパローズとファルコンズの共同作戦を実現させる。モーデン軍残党が潜んでいる孤島への強襲上陸作戦に、スパローズのメンバーを参加させて欲しいとの要請を承認させたのである。
分析の結果、モーデン軍残党と怪事件の間には何か関連があるはずだ、というのが理由であるが、正規軍上層部はもちろん一笑に付した。異常成長した巨大生物と、モーデン軍との間に関連など、通常では考えられないからだ。
しかし、情報部の事前工作が功を奏したのか、あいまいな形で要請は承認されてしまう。
指揮系統の混乱を危惧した隊長マルコは当然猛反対したのだが、いつものように丁寧に無視されて、上陸作戦は開始された。
肩をすくめるマルコ。
よぉ、と片手を挙げるターマ。
ふん、とそっぽを向くエリ。
お久しぶりですぅ、と笑顔のフィオ。
誰もが予想しない、新たな戦いの序曲が静かに奏でられはじめたのだが、その調べはあまりにもか細く、聞き取ることは難しかった。
そしてそのクライマックスは、かつてない激しさを伴っていたのである。

200X年、サイバーテロの恐怖が世界を震撼させた。各国の軍事主要システムの乗っ取りを目的としたコンピュータウィルス「ホワイト・ベイビー」の誕生と活動を予告する声明がインターネット上で告知されたのだ・・・・・・。
この声明を受け緊急に行なわれた国際サイバーテロ対策会議上にて、テロ組織「アマデウス」殲滅と、各国の軍事システムのセキュリティー強化および施設警備の強化を決議した・・・・・・。コンピュータネットワーク上での戦闘はもとより、テロ組織「アマデウス」の殲滅に特殊工作部隊ペルグリン・ファルコンズ（ＰＦ）の投入が決議された。
特殊工作部隊PFは、あらゆる局面に対応可能な訓練を受けた特殊部隊である。
各国から提供された情報の中から選んだ信憑性の高い情報によると、数時間後にテロ組織「アマデウス」が某国の通信施設を襲撃するという情報だ。
ターマとエリは、コンピュータウィルス「ホワイト・ベイビー」用ワクチン開発を行なうスタッフを護衛する任務に派遣された。マルコ、フィオ、そして新メンバーのトレバーとナディアの4名は直接テロ組織「アマデウス」の殲滅任務を遂行することとなった。
出撃前に送られてきた衛星画像には、「アマデウス」のメンバーと思われる数人の人物が映っていた。そこに映っていた1人の顔に、居合わせた全員が驚愕した・・・・・・。
そこには、あのデビルリバース・モーデンが映っていたのだ。
「ホワイト・ベイビー」の誕生（送信）が先か、特殊部隊の「アマデウス」殲滅が先か。事態は一刻を争っていた。そして、テロ組織「アマデウス」とモーデンの関係は・・・・・・。

次世代メタルスラッグ開発中の研究所が何者かの襲撃を受け、メタルスラッグの機密を記したディスクが強奪された。

マルコとターマはディスクの奪還指令を受け、その行方を追った。
一方、遺跡盗掘を行う武装組織プトレマイック・アーミーを調査していたエリとフィオは、古代遺跡「火の回廊」まで追跡に成功。遺跡に突入して制圧を試みるが、原住民と巨大なメタルスラッグによって行く手を阻まれてしまった。
この事件により、メタルスラッグの機密を奪った敵はプトレマイック・アーミーと判明。

正規軍は、機密奪還と組織壊滅のため、PF隊とスパローズの少数精鋭による「炎の回廊」への再突入作戦を決行した！！